紫斑牡丹是中国特有植物，为珍贵的花卉种质资源，根皮供药用。对研究牡丹属的系统发育和培育牡丹新品种，都具有一定意义。陕西太白山已建立自然保护区，应采取有效的保护措施。建议在分布集中的地区建立保护点，严禁采挖，并积极开展繁殖试验，推广栽培。青海同仁县已引种栽培。
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