北京植物园科普馆位于卧佛寺中轴路以东，北与园内南环路相连，东侧为规划中的植物进化区，南侧与月季园相邻，总占地约1公顷，建筑总占地面积为2670平方米。
北京植物园植物科普馆面向广大群众，特别是青少年，普及植物和环境科学知识，使游人理解植物在人类生活中的重要作用，充分认识保护环境、保护生物多样性的重要性；宣传植物园在保护物种和社会可持续发展中的重要作用，增强对日益严峻的城市环境、生态问题的关注。同时科普馆还将成为广大群众参与植物科普活动的基地，带动北京植物园科普教育功能的充分发挥，提高全民的科普素质。
